미션을 수행해보니, 여러 종류의 고리(loop)가 소개되었다.
첫 번째는 내부 고리(Internal loop)다.
이 고리는 위와 같이 "줄 서있는"RNA 부분들이 손목시계처럼 보이는 모양으로 되어있다.
이러한 고리들은 앞서 말한 부스팅을 양쪽 끝에 다 쓸 수가 있다. 사진의 오른쪽을 보면 부스팅을 한 RNA가 보일 것이다. 이번 부스팅은 AG 부스팅이다.(왜냐하면 두 번째 부분들이 다 AG 또는 GA로 보이기 때문이다)
두 번째는 1-1 고리, 2-2 고리, 1-2 고리 등이다.
이들도 내부 고리의 한 종류지만 조금 다르다. 예를 들어 1-1 고리는 한쪽 끝과 다른 쪽 끝 사이의 거리가 왼쪽엔 1개의 염기쌍이 있고 오른쪽도 1개의 염기쌍이 있다는 뜻이다.
2-2는 그 사이의 거리가 2개의 염기쌍을 가지고 있다는 말이다. 1-2는 왼쪽은 한 개, 오른쪽은 2개의 염기쌍을 거리로 가지고 있다. 이들의 "염기쌍 거리"가 얼마인지에 따라 이름이 붙여진다.
위 사진에 있는 이 내부 고리는 3-3 고리이다.
이런 고리들의 끝에 달린 고리를 볼 때도 있는데, 이를 끝 고리(End loop)라고 부른다.
세 번째는 머리핀 고리(Hairpin loop)다.
이 고리는 2개의 줄이 붙어있는 내부 고리와 달리, 고리와 붙어있는 줄이 하나밖에 없다.
이들을 부스팅 하기 위해서는 UU 또는 GA를 두 번째에 넣는 것이 대부분이다.
머리핀 고리들은 내부 고리와 같이 종류가 다양하다.
트라이루프(Triloop)는 고리에서 줄로 된 염기쌍 밑에 있는 염기쌍(대부분 A다)의 개수가 3개임을 의미한다.
같은 논리로 테트라루프(Tetraloop)는 밑에 있는 염기쌍 개수가 4개이라는 것을 말한다.
여기서 부스팅을 하는데에 주의할 것이 있다. 트라이루프는 부스팅이 불가능하다는 것이다.
처음에 부스팅을 했을 때는 "왜 안되지?"라고 생각이 들었는데, 이터나에서 트라이루프는 부스팅이
불가능하다고 설명을 했다. 머리핀 고리는, 테트라루프 이상만 부스팅이 가능하다는 얘기였다.
